1- إذا كان التخريج بواسطة مطلع الحديث، فإن من أبزر عيوب هذه الطريقة:
· اختلاف مطلع الحديث بسبب تعدد الروايات للحديث الواحد، وبسبب شيوع الرواية بالمعنى.
· أي تغيير في بداية الحديث يحول دون الوصول إليه في الكتاب.
2- إذا كان البحث والتخريج بواسطة لفظة في أثناء المتن، فلذلك عيوب مشهورة، منها:
· وجوب معرفة أصل الكلمة واشتقاقها.
· قلة فهارس الألفاظ المستعملة في هذه الطريقة من طرق التخريج، فكتاب «المعجم المفهرس» هو الوحيد المعتمد فيها.
· هذه الفهارس لا تذكر الصحابي، وإنما تورد الحديث عن كل الصحابة، ويتعين حينها مراجعة المواضع جميعًا للتأكد أن الحديث المذكور عن نفس الصحابي.
· لا يكفي التخريج بناء على كلمة واحدة؛ فربما خلت رواية منها، فيفوت الحديث على الباحث.
3- هذه الطريقة بنوعيها غير مفيدة في الأبحاث ذات الطابع الموضوعي.