كان هذا اللقب يطلق على من اعتنق المانوية أو الثنوية (أي عبدة النور والظلمة) وأصلها القديم من فارس (تنسب إلى مزدك) ثم أطلق لقب زنديق على كل ملحد أو مبتدع، وأطلق أحيانًا على من كان يحيا حياة المجون والخلاعة من الأدباء، وكان المهدي أكثر الخلفاء العباسيين إيقاعًا بالزنادقة، وتعقبًا لهم. وقد أوصى ابنه الهادي بتعقبهم، وقد استجاب الهادي لوصية أبيه.