بدأ الإسلام بوجود أفراد مسلمين من العرب، أو من أهل الجزر أنفسهم الذين اعتنقوا الإسلام، وبجهود هؤلاء انتشر الإسلام رويدًا رويدًا وببطء، وخطا انتشار الإسلام خطوة كبيرة عندما تولى الدعوة له رجال متخصصون دعاة وبعد هذه المرحلة تكونت الممالك الإسلامية في هذه الجزر. وأهم هذه الممالك ما يلي:
- مملكة ملقا 803- 917هـ/1400- 1511م.
- مملكة آتشه 920- 1322هـ/1514- 1904م.
- مملكة ديماك 918- 960هـ/1512- 1552م.
- مملكة بنتان 960- 1096هـ/1552- 1684م.
- مملكة غووا (مكسر) 1078هـ/1667م.
- ممالك شبه جزيرة الملايو (عقب سقوط ملقا).