يعود اتصال العرب بهذه الجزر إلى القرن (1هـ/7م), وفي القرن الرابع الهجري/ العاشر الميلادي بدأ انتشار الإسلام، عن طريق العرب التجار القادمين من مسقط, ثم قامت عدة إمارات، عملت على نشـر الإسلام في الجزر، وقد انتشـر العرب فيها, وامتزجوا مع السكان السود.
استعمرت فرنسا الجزر سنة 1259هـ/1843م, ثم نالت الجزر قدرا من الإستقلال الذاتي سنة 1381هـ/1961م، ونالت استقلالها سنة 1396هـ/ 1975م. وانتخب أحمد عبد الله كأول رئيس لها, وفي سنة1400هـ/1989م, اغتيل أحمد عبد الله على يد الحرس الجمهوري بقيادة الفرنسي بوب دينار، وانتخب محمد جوهر رئيسا للبلاد, قبلت عضويتها بجامعة الدول العربية سنة 1414هـ/1993م, قام المرتزق الفرنسي/ بوب دينار بانقلاب آخر في البلاد سنة 1416هـ/1995م, فقبضت عليه فرنسا، وأنهت الانقلاب. وفي 1416هـ/1996م تم انتخاب محمد تقي عبد الكريم رئيسًا للدولة. في سنة 1418هـ/1997م استولى متمردون انفصاليون على جزيرة أنجوان (ثاني أكبر جزر الأرخبيل), وفي أواخر عام 2001م عادت الجزيرة إلى حاضنة جزر القمر. وفي سنة 1419هـ/1998م توفي الرئيس عبد الكريم (62عامًا)، وتولى الرئاسة (الفترة الانتقالية) تاج الدين سعيد ماسوندي. وفي 1420هـ/1999م, استولى رئيس أركان الجيش غزالي مسوماني على السلطة في انقلاب عسكري. وفي 2006م كان أحمد سامبي أول رئيس منتخب للبلاد حتى عام 2011م، ثم في انتخابات عام 2011م فاز إكليل ظنين برئاسة البلاد، وما زال رئيسًا حتى الآن.