في سنة 791هـ/1389م حقق العثمانيون بقيادة السلطان/مراد بن أورخان انتصارًا ساحقًا على الجيوش الصربية، في معركة (كوزوفو). وأصبحت البوسنة ولاية عثمانية من سنة 868هـ/1463م. وبدأ الإسلام ينتشـر فيها، وقد عانى العثمانيون طويلًا من الثورات المحلية المدعومة من الأوربيين، وفي سنة 1295هـ/1878م احتلت النمسا ولايتي البوسنة والهرسك، وفي سنة 1326هـ/1908م أعلنت الإمبراطورية النمساوية/المجرية ضم البوسنة والهرسك إليها. وقاوم المسلمون هذا القرار بكل قوة ولكن بدون جدوى.
انطلقت الشرارة الأولى للحرب العالمية الأولى من سراييفو (عاصمة البوسنة). إثر اغتيال ولي عهد النمسا وزوجته على يد شاب صربي. وأدت هذه الحرب إلى تدمير الإمبراطورية النمساوية/المجرية. فاستقلت المجر، وقامت المملكة اليوغسلافية (والبوسنة والهرسك جزء منها) سنة 1336هـ/1918م.
في الفترة ما بين الحربين العالميتين ظلت البوسنة تحت حكم المملكة اليوغسلافية (الصربية الكرواتية السلوفينية). في سنة 1391هـ/1971م سمحت دولة الاتحاد اليوغسلافي للمسلمين في البوسنة بتكوين قومية مستقلة ضمن الاتحاد (في عهد الرئيس تيتو).