وفي عهد آل جلائر مرت بالعراق عاصفة مغولية جديدة يقودها تيمور لنك، الذي كان ينتقل من فتح إلى فتح على رأس جيوش جرارة من الشرق. ووصل إلى بغداد سنة 796 هـ/1993 م فاستولى عليها بعد أن هرب حاكمها الجلائري/أحمد بن أويس.
وبعد وفاة تيمورلنك سنة 807 هـ/1405 م وتفكك إمبراطوريته عاد أحمد الجلائري إلى العراق، وكانت الدولة قد فقدت أهميتها وضعفت تمامًا.
كان عهد الجلائريين بالعراق عهد صراع ودمار بسبب خلافاتهم الداخلية، وبسبب هجوم تيمورلنك، وبسبب الصراع المدمر بينهم وبين القرة قيونليه الذين استطاعوا الاستيلاء على الحكم أخيرًا.