ورغم ما تقوم به المدرسة من وظائف ومهمات، إلا أنه قد توجد بعض العوامل التي تؤثر سلبًا عليها، مما يعوقها عن أداء رسالتها على الوجه الأمثل، ولعل أهم هذه العوامل باختصار تتمثل في:
1. ضعف الإدارة المدرسية أو فوضويتها، مما ينعكس سلبًا على مستوى مخرجات التعليم وتحقيق النظام التعليمي لأهدافه.
2. مركزية الإدارة والبيروقراطية والرتابة في رسم السياسات ووضع استراتيجيات التنفيذ، وغياب التنسيق وتحديد الأولويات.
3. قصور المناهج الدراسية عن مواكبة التقدم العلمي في المجالات المختلفة.
4. ضعف الاهتمام بالأنشطة الصفِّية وغير الصفِّية.
5. انتشار ظاهرة ممارسة العنف والعدوان بين الطلاب أو ضدهم.
6. ضعف سلطة المدرس داخل الفصل، أو تغاضي المدرسين عن أخطاء الطلاب، والتهاون وعدم الحزم داخل الفصل.
7. تقليد بعض الطلاب ومحاكاتهم للسلوك المنحرف -المكروه منه والمحرم- بعيدًا عن ضوابط الأسرة أو المدرسة.