وتتميز إدارة الأوقاف بمجموعة من الخصائص التي يلزم مراعاتها عند تطبيقنا لمفاهيم الإدارة الحديثة؛ من تخطيط وتنظيم وتوجيه ورقابة، ومن أبرز هذه الخصائص [1]:
خصوصية الأهداف: وتتمثل أهداف إدارة الأوقاف في المحافظة على أموال الوقف لتحقيق استمرار الطاقة الإنتاجية، وتحقيق أفضل عائد ممكن لإنفاقه في وجوه عمل المنظمة غير الربحية.
الملكية: لا يوجد ملاكٌ حصريون للوقف؛ بل هو ملكٌ لله عز وجل في صورة حق عام للمجتمع، وفي الفقه الإسلامي: فالإدارة ممثلة في ناظر الوقف الذي يُعد وكيلًا عمَّن له الولاية الأصلية، ومن ثَم توجد عدة أطراف هم: ناظر الوقف، والموقوف عليهم، ومن له الولاية الأصلية على الوقف.
التنظيم الإداري: يقوم على وجود مؤسسة مركزية مسؤولة عن استثمار أموال الوقف، ثم مشروعات وقفية مختلفة بحسب الأنشطة التي تستثمر فيها هذه الأموال؛ مثل مشروع زراعي، ومشروع عقاري، ومشروع استثماري مالي... وإلى جانب ذلك توجد الإدارة المسؤولة عن إنفاق عائد الوقف في وجوهه المحددة، ومن هنا لا توجد إدارة وقفية واحدة تتولى كل هذه الأعمال، بل إدارات متنوعة بحسب كل نشاط.
الأحكام الشرعية: ويتمثل في الأحكام والضوابط الشرعية التي يجب على إدارة الوقف الالتزامُ بها بالدرجة الأولى، وخاصة في مسائل جوهرية؛ مثل أحكام التأجير والبناء والزراعة، ثم الاستبدال والإبدال وقواعد الحكر والإرصاد، وأحكام الولاية والنظارة، وتوحيد الأوقاف المتنوعة في وقف واحد، إلى غير ذلك من الأحكام الشرعية التي يجب مراعاتها عند وضع النظم واللوائح لمؤسسة الوقف.